Η πράσινη προϊστορία με ελληνικές ομάδες δεν είναι υπέρ της Ομόνοιας. Τη σεζόν 1965-66 αποκλείστηκε από τον πρώτο γύρο του Κυπέλλου Κυπελλούχων από τον Ολυμπιακό Πειραιώς με συνολικό σκορ 1-2, ενώ στο Κύπελλο Πρωταθλητριών τη σεζόν 1976-77 αποκλείστηκε και πάλι από τον πρώτο γύρο, αυτή τη φορά από τον ΠΑΟΚ με συνολικό σκορ 1-3.
Το κακό τρίτωσε κόντρα στον Παναθηναϊκό (1988-89) όταν αποκλείστηκε με 0-3. Τη σεζόν 2008-09, προκρίθηκε στον τρίτο γύρο στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ επί της ΑΕΚ με συνολικό σκορ 3-2, ενώ προσφάτως αποκλείστηκε από τον Ολυμπιακό Πειραιώς στα πλέι οφ του Τσάμπιονς Λιγκ.